Csallóközcsütörtökről az első írásos emlékünk II. Endre király korából származik. 1217-ben kiadott okirat megerősíti a Hunt-Pázmány nemzetség Szentgyörgyi ágának birtoklási jogát, a vásártartási jogot, valamint a nemzetség egyik leszármazottjának, Sebes comesnek ítéli meg az uralkodó a vásárvám egy részét jövedelmi forrásként. A települést a kezdeti időszakokban CHETURTHUC, CHETURTUCKHEIL, CHETERTEKHEL, illetve oppidum CHETERTEK néven említik a dokumentumok, ami arra enged következtetni, hogy a településnek volt egy korábbi, de elfeledett neve, az újat pedig a vasárnapi vásártartás helyett a csütörtöki napra meghatározott vásártartás alapján alakították ki. A település német megnevezése — VILLA LIUPOLDI, LEOPOLDSDORF — csak a 15. században jelenik meg az okiratokban.
A település kialakulása azonban vélhetően Szent István király korában megtörtént már, bár erről eredeti okirat nincs. Náray György csütörtöki plébános 1677-ben lejegyzett krónikája arról tanúskodik, hogy Szent István a Duna mente ezen a részén 12 templomot építtetett, és Csütörtök már abban a korban “templomhely” volt. A templomról szóló első okirat viszont csak 1333-ból származik, a Pozsonyi Káptalan királynak küldött jelentése írja, hogy “Tudott dolog, hogy Chuturtuk község (villa) nyugati része, (ház)sora Sebes mesternek jut, ugyanannak keleti része magának Péternek, és jóllehet Péter részén fekszik a templom, mégis mindkét rész hívőinek közös plébániai temploma legyen.” Náray György megállapítása mégis igaz lehet, hiszen a templom 1956-os restaurálása során előkerült a korábbi átépítések során befalazott román portáléja, ami a XI-XII. században épített románkori templomok legdíszesebb része, a két torony között elhelyezett bejárati kapu volt. A portálé két-két oszlopa, amelyek hengeres és sima kivitelben készültek, nagyobb részükben ma is a földben vannak, máig nem kerültek feltárásra.
Csütörtök mindvégig fontos szerepet játszott a Felső-Csallóköz fejlődésében, a lápos, mocsaras területen igen fontosak voltak az utak, s nemcsak a vásártartási jog miatt, hanem a kereskedés szempontjából Pozsony közelsége okán is. A Pozsonyi Képtalan 1385-ös jelentése szerint pedig éppen Csütörtökön keresztül vezetett a “nagy út”. Csütörtök ennek megfelelően a kornak megfelelően a mezővárosi (oppidum) fejlődés útjára lépett. Erről tanúskodik Nagy Lajos király 1364-es rendelete, amelyet a rossz termés és nagy éhezés miatt adott ki. Ebben intézkedett a király arról is, hogy leiratát az egyes városokban is kihirdessék, s külön kiemelte a rendelet “Pozsony megyében, Pozsony városában, Scamariában (Somorja), Chuturtukhel-en és Sench-en (Szenc) minden egyes vasárnapon kihirdessék.” Csütörtök mezővárossá fejlődésének folyamatában fontos előrelépést jelentett a “ius gladií”, vagyis a pallosjog elnyerése. Nagy Lajos 1363-ban Szentgyörgyi Péternek és az ő gyermekeinek, Tamásnak, Jánosnak és Péternek felhatalmazást adott, “hogy ők az ő Cheuteurteuk nevű községükben, amely Challokeuz kerületben, Pozsony megyében van, a község területén, vagyis tartozékain akasztófát állíthassanak fel”. A pallosjog teljessé tette a földesúr bírói jogkörét, amely alapján a halálos ítélet kimondása és végrehajtása is jogai közé került. Hogy pontosan mikor emelkedett városi rangra Csallóközcsütörtök, nem tudjuk, de Zsigmond király egyik 1430-ból származó rendelete már városként említi Leopoldzdorfot Pozsony, Trencsén, Nagyszombat, Somorja és más városokkal együtt.
Csütörtök gyors fejlődése a következő évszázadban lassult le jelentősen, akkor, amikor a Szentgyörgyi család utolsó férfi tagja, Kristóf fiúörökös nélkül halt meg, a család birtoka az államkincstárhoz került, tehát I. Ferdinánd király rendelkezett vele. A király 1544-ben zálogosította el Csütörtököt úgy, hogy a mezőváros egyik része Szentgyörgy várának tartozékaként Serédy Gáspár kezébe került, a másik része pedig Éberhardvár tartozékaként Mérey Mihályé lett. Csütörtök fejlődését azonban gátolta a törökök és a császárság közti háborúskodás, majd a II. Rákóczi Ferenc vezette szabadságharc az 1700-as évek elején, amikor többször is “gazdát cserélt” településünk, hol a kurucok, hol a labancok uralták. Csütörtöknek ugyan megmaradt jogi értelemben vett mezővárosi rangja, de középkori jelentőségét nem sikerült visszanyernie. Ezért írhatta a kor jeles történetírója, Bél Mátyás Csütörtökről, hogy “jelentéktelen mezőváros, épületeit tekintve sokkal szegényesebben települt, mint Somorja”. A lakosság számát tekintve sem fejlődött Csütörtök, az 1761-es összeírás szerint összesen 419 lakója volt.
Csütörtökön az élet, a gazdasági és társadalmi fejlődés a reformkorban kapott új lendületet. Modernizálódott a mezőgazdasági termelés, a kereskedelem mellett megerősödött a kézművesség is. Jellemző adat, hogy míg 1815-ben Csütörtöknek mindössze 490 lakosa volt — mint évszázadokon át zömmel római katolikus vallású magyarok —, az 1867-es népszámlálás idején már 664-en éltek településünkön, ebből 21 zsidó, 13 református és egy evangélikus, a többi római katolikus, nemzetiségileg pedig néhány német kézműves telepedett le a magyarok között. Ebben az időszakban alakult meg az iskola is, de a legjelentősebb változást az 1871-es közigazgatási reform hozta: akkor vesztette el jogilag végérvényesen mezővárosi rangját Csütörtök, s lett egyszersmind “nagyközség”, ami azt jelentette, hogy a falu elöljáróit (önkormányzatát) és “első emberét”, a bírót a település adófizető polgárai választották meg, s a faluban minden államigazgatási és adminisztratív feladatot — beleértve a gazdasági élet feltételeinek megteremtését is — a bíró és az elöljáróság láthatta el. A település fejlődése ezt követően is töretlen, amire ugyancsak jó példa a lakosság számának növekedése, alakulása. Az 1900-ban megtartott népszámlálás szerint összesen 1092 lakosa volt csütörtöknek, ebből 1078 római katolikus, 8-8 református és evangélikus, 24 pedig zsidó, a amagyarok száma 991 volt mellettük 20-an németnek vallották magukat, 19-en szlováknak, 88 pedig egyébnek ( de zömmel cigány származású polgárok voltak), s a lakosság több mint a fele — összesen 605 személy — tudott írni és olvasni. Az 1910-es népszámláláskor a lakosok száma már 1228 volt, a vallási és a nemzetiségi arányok változatlanok maradtak, de akkor már 777 polgár tudott írni és olvasni, miközben 283 gyermek járt még iskolába.
Az I. világháborút követően a település az újonnan megalakult államalakulat, Csehszlovákia része lett. Akkor kapta a Štvrtok na Ostrove (Csallóközcsütörtök) nevet, a Somorjai járáshoz és Pozsony megyéhez tartozott. Az 1961-es közigazgatási reform következtében a település a Dunaszerdahelyi járás és a Nyugat-szlovákiai Kerület része lett, 1997-től pedig a Dunaszerdahelyi járáshoz, azon keresztül pedig a Nagyszombati Önkormányzati Kerülethez csatolták.